„Za prvé se pro tuto funkci necítil predestinován, za druhé nechtěl jít do souboje s Benešem o Masarykovo nástupnictví. Navíc byl konzervativní demokrat a návrh na jeho kandidaturu vznesla krajní, fašizující pravice. To nebylo pro Pekaře přijatelné. Neměl by také zapadnout fakt, že po jeho rektorském období se jeho zdravotní stav rapidně zhoršil."